Hauptgrund für die Schwierigkeiten, die bei der Aufbereitung bestehen, ist die anatomische Struktur der Wurzelkanäle. Oftmals sind die Kanäle verkalkt oder derartig abgekrümmt, dass ein Zugang nur schlecht möglich ist. Zudem gleicht das Wurzelsystem des Zahns einem Baum, der auf dem Kopf steht. So ist es in der Regel wohl meist möglich, die Hauptkanäle zu reinigen und aufzufüllen. Die Seitenkanäle hingegen bleiben oft unberücksichtigt und stellen dann ideale Brutplätze für schädliche Bakterien dar.